Le thème central de l’échanges de la pièce est la question du mal et de la souffrance dans le monde. Cette dimension contemplative et mystique fait du Mystère de la charité de Jeanne d’Arc un texte fascinant.
Charles Péguy s’est expliqué lui-même sur le Mystère de la charité de Jeanne d’Arc dans un entretien qu’il eut avec Georges Valois en juin 1910 dans l’Action française : « J’en suis à l’éveil de l’espérance chez Jeanne, à la renaissance de cette vertu qu’on néglige, qu’on oublie de tenir pour nécessaire. On pense bien à la foi, à la charité,... mais on ne songe pas qu’espérer est un devoir chrétien. Jeanne se convainquit qu’elle devait espérer sans motif, sans but, hors d’elle-même, sans savoir comment. Et lorsqu’elle fut remplie d’espérance, alors elle fut pénétrée des moyens de réaliser cette pure espérance. Je continue mon œuvre ». Tant que Jeanne attend un miracle terrestre sans s’abandonner à une totale confiance, il lui est impossible d’entendre ses voix. C’est pour obtenir de Jeanne d’Arc ce mouvement d’espérance pure « sans motif, sans but », que Péguy a écrit ensuite Le porche du mystère de la deuxième vertu puis Le mystère des saints innocents dans lesquels Madame Gervaise et la petite fille Espérance vont tâcher de précipiter cette évolution.